1956 ൽ കേരള സംസ്ഥാന രൂപവത്കരണത്തോടെ കേരളത്തിലെ ജയിൽ വകുപ്പിൻ്റെ ചരിത്രം ആരംഭിച്ചു. ട്രാവൻകൂർ-കൊച്ചിൻ സ്റ്റേറ്റ്, ബ്രിട്ടീഷ് മലബാർ സ്റ്റേറ്റ് എന്നിവിടങ്ങളിലെ ജയിലുകൾ സംയോജിപ്പിച്ചാണ് ജയിൽ വകുപ്പിന് രൂപം നൽകിയത്. 1862-63 ല്‍ ദിവാൻ സർ ടി.മാധവറാവുവിൻ്റെ കാലത്താണ് തിരുവിതാംകൂർ സംസ്ഥാനത്തെ ജയിലുകളുടെ ആദ്യ ഭരണ റിപ്പോർട്ട് പ്രസിദ്ധീകരിച്ചത്. പ്രസ്തുത റിപ്പോര്‍ട്ട്‌ പ്രകാരം തിരുവനന്തപുരത്ത് (ഫോർട്ട്) ഒരു പ്രിൻസിപ്പൽ ജയിൽ, കൊല്ലം, ആലപ്പുഴ എന്നിവിടങ്ങളില്‍ ഡിവിഷണൽ ജയിലുകളും, ഇതു കൂടാതെ ജില്ലാ കോടതികളോടനുബന്ധിച്ചു സബ് ജയിലുകളും ഉണ്ടായിരുന്നു. 1861 ൽ നായർ ബ്രിഗേഡിൻ്റെ പഴയ ബാരക്കുകളിൽ സ്ഥാപിതമായ പ്രിൻസിപ്പൽ ജയിൽ 1873 ൽ സെൻട്രൽ ജയിലായി ഉയർത്തപ്പെട്ടു. 1886 ൽ ഈ ജയിൽ പൂജപ്പുരയിൽ ഇന്നു കാണുന്ന സ്ഥലത്തേക്കു മാറ്റി സ്ഥാപിച്ചു. ഈ ജയിലിൽ അതേ വർഷം തന്നെ ദിവാൻ സർ ടി.രാമറാവു വ്യവസായിക സംരംഭങ്ങൾ ആരംഭിച്ചു. തുടർന്ന് തടവുകാരുടെ അവസ്ഥ മെച്ചപ്പെടുത്തുന്നതിനുള്ള നടപടികളും കൈക്കൊണ്ടു. 1890 ൽ ഭരണാധികാരി നിരാലംബരായ തടവുകാർക്ക് ജയിലിൽ നിന്നും വിടുതൽ ചെയ്യുമ്പോൾ അവരുടെ വീടുകളിൽ എത്തുന്നതിനാവശ്യമായ പണം നൽകുന്നതിന് ഉത്തരവ് നൽകി. 1904 ൽ സെന്‍ട്രല്‍ ജയിലില്‍ വനിതാ തടവുകാർക്കായി പ്രത്യേകം ബ്ലോക്ക് സ്ഥാപിച്ചു. തടവുകാർക്ക് വൈദ്യസഹായം നൽകുന്നതിനുള്ള ചുമതല സ്റ്റേറ്റ് ചീഫ് മെഡിക്കൽ ഓഫീസർക്കായിരുന്നു.
കൊച്ചിയില്‍ മെച്ചപ്പെട്ട രീതിയിലുളള ജയിലുകള്‍ ആരംഭിക്കുകയും ജില്ലാ കോടതികള്‍ സ്ഥാപിക്കപ്പെട്ടപ്പോള്‍ ജയിലുകളുടെ നിയന്ത്രണം ജില്ലാ ജഡ്ജിമാരുടെ നിയന്ത്രണത്തില്‍ ആകുകയും ചെയ്തു. എറണാകുളത്തും, ത്യശ്ശൂരും ഉണ്ടായിരുന്ന രണ്ട് ജയിലുകളും, ത്യപ്പൂണിത്തുറയില്‍ ഉണ്ടായിരുന്ന ഒരു ചെറിയ ജയിലും എറണാകുളം ജയിലിൻ്റെ ഭാഗമായി തീര്‍ന്നു. 1890 ല്‍ എറണാകുളത്ത് ഒരു സെന്‍ട്രല്‍ ജയില്‍ സ്ഥാപിക്കുകയും ജയില്‍ ഭരണം മെച്ചപ്പെടുന്നതിനായി 1892 ല്‍ ബ്രിട്ടീഷ് പോലീസ് ഉദ്യോഗസ്ഥനായ ശ്രീ.റോബിൻസനെ സൂപ്രണ്ട് ആയി നിയമിക്കുകയും ചെയ്തു. 1914 ല്‍ ഈ ജയില്‍ വിയ്യൂരിലേയ്ക്ക്‌ മാറ്റി സ്ഥാപിച്ചു. ഈ സെന്‍ട്രല്‍ ജയിലിനു പുറമെ വിചാരണ തടവുകാരെയും, ഒരു മാസത്തില്‍ കുറഞ്ഞ ശിക്ഷയുളള തടവുകാരെയും പാര്‍പ്പിക്കുന്നതിനായി 7 സബ് ജയിലുകള്‍ കൊച്ചിയില്‍ ഉണ്ടായിരുന്നു. എല്ലാ തടവുകാരെയും തടവ് കാലയളവില്‍ ചങ്ങലയില്‍ പൂട്ടിയിട്ടിരിക്കുകയായിരുന്നു. അവര്‍ക്ക് പ്രതിഫലം ലഭിക്കുന്ന തൊഴിലുകള്‍ ലഭ്യമായിരുന്നില്ല. തിരുവിതാംകൂർ-കൊച്ചി മേഖലകളില്‍ ശിക്ഷാ തടവുകാരെ ജയിലുകള്‍ക്ക് പുറത്തു കൊണ്ടുപോയി പൊതുനിരത്തുകളും, പൊതുസ്ഥാപനങ്ങളും, കൊട്ടാരങ്ങളും വ്യത്തിയാക്കുന്നതിനും, അടിച്ചുവാരുന്നതിനും, റോഡുകള്‍ നിര്‍മ്മിക്കുന്നതിനും ഉപയോഗിച്ചിരുന്നു. എറണാകുളത്തും, ത്യശ്ശൂരും താമസമാക്കിയ ബ്രിട്ടീഷ് ശിപായികള്‍ ആയിരുന്നു ജയിലുകളുടെ സുരക്ഷാ ചുമതല നിര്‍വ്വഹിച്ചിരുന്നത്.
കേരള സംസ്ഥാന പുനസംഘടനാ കാലത്ത് മലബാര്‍ മേഖലയില്‍ കണ്ണൂര്‍ സെന്‍ട്രല്‍ ജയില്‍, കോഴിക്കോട് സ്‌പെഷ്യല്‍ സബ് ജയില്‍ എന്നിവ കൂടാതെ 20 സാധാരണ സബ് ജയിലുകളും ഉണ്ടായിരുന്നു. 1861 ൽ സ്ഥാപിക്കപ്പെട്ട കോഴിക്കോട് സ്‌പെഷ്യല്‍ സബ് ജയില്‍ ആണ് കേരളത്തിലെ ഏറ്റവും പഴക്കംചെന്ന ജയില്‍. ഈ ജയില്‍ 1969 ല്‍ ജില്ലാ ജയില്‍ ആയി ഉയര്‍ത്തപ്പെട്ടു. സംസ്ഥാനത്തെ രണ്ടാമത്തെ പഴക്കം ചെന്ന ജയിലും, ആദ്യത്തെ സെൻട്രൽ ജയിലുമായ കണ്ണൂര്‍ സെന്‍ട്രല്‍ ജയില്‍ 1869 ല്‍ സ്ഥാപിക്കപ്പെട്ടു. പാളയംകോട്ട ബോസ്റ്റല്‍ സ്‌കൂളിലെ മലയാളികളായ അന്തേവാസികളെ കണ്ണൂര്‍ സെന്‍ട്രല്‍ ജയിലിലെ ക്വോറൻ്റെയിൻ ബ്ലോക്കിൽ മാറ്റിപ്പാര്‍പ്പിച്ചു ബോസ്റ്റല്‍ സ്‌കൂളായി പ്രവര്‍ത്തനം ആരംഭിച്ചു. ജയിലിലെ ഒരു ബ്ലോക്ക് വനിതാ ബ്ലോക്കാക്കുകയും മദ്രാസ് സംസ്ഥാനത്തു നിന്നുള്ള വനിതാ തടവുകാരെ അങ്ങോട്ട് മാറ്റിപ്പാര്‍പ്പിക്കുകയും ചെയ്തു.
കേരള സംസ്ഥാന രൂപീകരണത്തോടെ താഴെപറയുന്ന ജയിലുകളും മറ്റു സംവിധാനങ്ങളും ജയില്‍ വകുപ്പില്‍ നിലവില്‍ വന്നു.
സംസ്ഥാന രൂപീകരണത്തിന് ശേഷം ചില സബ് ജയിലുകള്‍ നിര്‍ത്തലാക്കുകയും, പുതിയ ജയിലുകള്‍ സ്ഥാപിക്കുകയും ചെയ്തു. 1962 ല്‍ സംസ്ഥാനത്തെ ആദ്യത്തെ ഓപ്പൺ പ്രിസൺ, തിരുവനന്തപുരത്തെ നെട്ടുകാല്‍ത്തേരിയിലും, 1990 ല്‍ ആദ്യത്തെ വിമെൻ പ്രിസൺ നെയ്യാറ്റിന്‍കരയിലും സ്ഥാപിക്കപ്പെട്ടു. 2007 ല്‍ സംസ്ഥാനത്തെ രണ്ടാമത്തെ ഓപ്പൺ പ്രിസൺ ചീമേനിയില്‍ സ്ഥാപിച്ചു. 2009 ല്‍ ഒരു വിമെൻ പ്രിസൺ കണ്ണൂരിലും 2011 ല്‍ ഒരു വിമെൻ പ്രിസൺ ത്യശ്ശൂരിലും സ്ഥാപിച്ചു. 2013 ല്‍ ആദ്യത്തെ വനിതാ ഓപ്പൺ പ്രിസൺ പൂജപ്പുരയില്‍ സ്ഥാപിക്കപ്പെട്ടു. സംസ്ഥാനത്തെ ആദ്യത്തെ ഹൈ സെക്യൂരിറ്റി പ്രിസൺ 2019 ൽ വിയ്യൂരിൽ പ്രവർത്തനം ആരംഭിച്ചു. ജയില്‍ ഉദ്യോഗസ്ഥര്‍ക്ക് പരിശീലനം നല്‍കുന്നതിനായി ജയില്‍ ട്രെയിനിംങ് സ്‌കൂള്‍ 1957 ല്‍ പൂജപ്പുരയില്‍ സ്ഥാപിക്കപ്പെട്ടു. പിന്നീട് ഇത് 1988 ൽ സ്റ്റേറ്റ് ഇന്‍സ്റ്റിറ്റ്യൂട്ട്‌ ഓഫ് കറക്ഷണല്‍ അഡ്മിനിസ്‌ട്രേഷന്‍ എന്ന്‌ പുനര്‍നാമകരണം ചെയ്തു. തുടര്ന്ന് 2010 ല്‍ തൃശൂര്‍, കണ്ണൂര്‍ എന്നിവിടങ്ങളില്‍ സിക്ക എക്‌സ്‌റ്റെന്‍ഷന്‍ സെൻററുകൾ നിലവില്‍ വന്നു. ജയിലുകളുടെ ഭരണനിര്‍വ്വഹണം കൂടാതെ മൂന്ന്‌, നാല് പഞ്ചവത്സര പദ്ധതിയുടെ ഭാഗമായി സാമൂഹ്യ ക്ഷേമ പരിപാടികളും ജയില്‍ വകുപ്പ് നിര്‍വ്വഹിച്ചു. 1975 ല്‍ സാമൂഹ്യ ക്ഷേമ വകുപ്പ് രൂപീകരിച്ച് കൈമാറും വരെ സാമൂഹ്യ ക്ഷേമ സ്ഥാപനങ്ങളായ ആഫ്റ്റര്‍ കെയര്‍ ഹോം, വികലാംഗര്‍ക്കായുളള റസ്‌ക്യൂ ഹോം, കെയര്‍ ഹോം, ആഫ്റ്റര്‍ കെയര്‍ ഷെല്‍റ്റേഴ്‌സ്, റിമാന്‍ഡ് ഹോം, പ്രൊബേഷനും ഫോളോ അപ്പ് സേവനങ്ങളും, റസ്‌ക്യൂ ഷെല്‍റ്റേഴ്‌സ് തുടങ്ങിവയുടെ നിയന്ത്രണം ജയില്‍ വകുപ്പിനായിരുന്നു.
1953 ല്‍ ഒരു പ്രത്യേക ജയില്‍ ഐ.ജി. തസ്തിക സ്യഷ്ടിക്കുകയും, ഏറ്റവും സീനിയറായ സെന്‍ട്രല്‍ ജയില്‍ സൂപ്രണ്ട് ശ്രീ. എ.വി. ജോണിനെ ജയില്‍ ഐ.ജി. ആയി നിയമിക്കുകയും ചെയ്തു, അതുവരെ തിരുവനന്തപുരം സെന്‍ട്രല്‍ ജയില്‍ സൂപ്രണ്ടായിരുന്നു ജയില്‍ ഐ.ജി.യുടെ ചുമതല നിര്‍വ്വഹിച്ചിരുന്നത്. 1981 ല്‍ മേഖലാ സംവിധാനം രൂപീകരിക്കുകയും കോഴിക്കോട്, ത്യശ്ശൂര്‍ എന്നിവിടങ്ങളില്‍ എ.ഐ.ജി. തസ്തിക സ്യഷ്ടിച്ച് നിയമനം നടത്തി. ഡെപ്യൂട്ടി ഇന്‍സ്‌പെക്ടര്‍ ജനറല്‍ ഓഫ് പ്രിസണ്‍സ് (ആസ്ഥാനകാര്യാലയം) ആയിരുന്നു ദക്ഷിണ മേഖലയുടെ ചുമതല നിര്‍വ്വഹിച്ചിരുന്നത്. 2000 ല്‍ എ.ഐ.ജി തസ്തിക ഡെപ്യൂട്ടി ഇന്‍സ്‌പെക്ടര്‍ ജനറല്‍ ഓഫ് പ്രിസണ്‍സ് ആയി ഉയര്‍ത്തി.
1894 ലെ ഇന്‍ഡ്യന്‍ പ്രിസണ്‍ ആക്ട്, 1950 ലെ ട്രാവന്‍കൂര്‍-കൊച്ചിന്‍ ആക്ട് എന്നിവയെ ആധാരമാക്കി 26.08.1958 ല്‍ കേരള പ്രിസൺസ് റൂള്‍സ് നിലവില്‍ വന്നു. തുടര്ന്ന് 2014 ല്‍ ആധുനിക തെറ്റുതിരുത്തല്‍ ആശയങ്ങളെ അടിസ്ഥാനമാക്കി കേരള പ്രിസണ്‍സ് & കറക്ഷണല്‍ സര്‍വ്വീസസ് (മാനേജ്‌മെൻറ്) ചട്ടങ്ങള്‍ 2014 നിലവില്‍ വന്നു. ഈ ചട്ടങ്ങള്‍ 2010 ലെ കേരള പ്രിസണ്‍സ് & കറക്ഷണല്‍ സര്‍വ്വീസസ് (മാനേജ്‌മെൻറ്) ആക്ട് അടിസ്ഥാനമാക്കി രൂപീകരിക്കപ്പെട്ടിട്ടുള്ളതാണ്.